Принцип метода ПЦР заключается в копировании фрагментов генетического материала, РНК или ДНК, с помощью специальных реактивов и оборудования. Если в образце имеются целевые фрагменты, то с помощью реакции их количество увеличивается до детектируемого прибором. Даже если в мазке содержится всего около 500 копий вирусной РНК, с помощью такого метода их можно обнаружить. При этом будет ли это живой вирус, который пациент активно выделяет в окружающий мир, будет ли это остаточное, неспособное заразить других людей количество SARS-CoV-2, или это будут остатки уже убитого иммунитетом вируса, тест может быть положительным во всех этих случаях.
По данным исследований, ПЦР остаётся положительным в среднем в течение 17 дней от начала симптомов. При этом, в среднем, уже на 9-й день количество выделяемого вируса недостаточно для заражения. Это значит, что в среднем 8 последующих дней положительный результат ПЦР не несет практической и эпидемиологической ценности.
В отличие от ПЦР, антигенные тесты определяют в пробе не генетический материал, а антигены, то есть крупные белковые части вируса. Благодаря этому антигенные тесты имеют более подходящий порог чувствительности и меньше реагируют на присутствие в пробе малых количеств вируса. Такая методика имеет значительно большую практическую значимость для выявления потенциально опасных для окружающих инфицированных людей, то есть можно адекватнее оценить «заразность» пациента.
Исследование института им. Гамалеи показало, что для выявления заразного человека более целесообразно использование антигенного, а не ПЦР-теста.